A Misericórdia abriu estes centros em outubro de 1999, inicialmente na modalidade “clássico” (abertos todo o dia) e, posteriormente, em 2007, na modalidade “pontas do horário escolar” (após o encerramento das atividades escolares, letivas e não letivas). Para este propósito contou com o apoio do Centro Distrital de Aveiro do Instituto de Segurança Social IP, com quem celebrou acordos de cooperação, e da Câmara Municipal de São João da Madeira, que disponibilizou instalações. Qualquer daqueles centros de ATL não é, todavia, a primeira resposta social deste tipo da instituição. Esse lugar cabe ao ATL – ABC, instalado desde 1993 em salas do Centro de Acolhimento Temporário Oliveira Júnior, e que se dirige, primordialmente, ao apoio ao estudo dos menores ali residentes. Entretanto, a esta rede de centros somou-se o ATL para alunos do 2.º ciclo do ensino básico, que abre em setembro de 2009, na modalidade “clássico”.